Pharoでの日本語入力で入力されない文字があるのは、VMからわたされるキーイベント情報(と、多分その処理方法)に問題があるからのようだ。
具体的に言うと、漢字やひらがなが入力された時のイベント情報内のscanCodeが、Ctrl-H等の制御コードと同じものになっており、間違ってそちらが処理されてしまうため、正しく文字入力されない。この現象はPharo 1.0から引き続いている、というよりPharoの開発チームはこんな現象にあわないだろうから、関心も持っていないんだろう。きっと。
その点、Mac(SnowLeopard)では日本語入力時のscanCodeは必ず0になるようなので問題にならない。
手っ取り早く解決するなら、charCodeが256以上の時はscanCodeを0にしちゃうということだろうけど、この辺はSqueakの方法を見ながら解決していこう。